Главна задача на отсекот хигиена на исхрана е да ја следи и проучува исхраната на населението во регионот, посевно на вулнерабилни популациони групи.
Ги следи и проценува факторите на здравствен ризик поврзан со исхраната и стилот на живеење и настојува во најголема можна мера да се доближи до најновите достигнувања во областа на исхраната и проценката на здравствени ризици поврзани со неа.
Врши испитувања на нутритивниот статус, го следи растот и развојот на децата и учениците на територија на Центарот со антропометриски испитува, а во функција на рана детекција на прекурсори на можни здравствени ризици за појава на хронични незаразни заболувања.
Врши испитување на биолошкиот квалитет на исхраната на вулнерабилни популациони групи со примена на конзумно – аналитичка метода.
Врз основа на податоците од извршените испитувања се изготвува годишен извештај со проценка на состојба на нутритивниот статус и исхрана на вулнерабилното население на територија на Центарот.