Отсекот ги има следните надлежности:

  • прием на материјал за микробиолошко испитување, а по извршените анализи се издаваат соодветните резултати;
  • микориболошко испитување на брисеви од грло, нос, коњуктиви, уши, рани, пунктати и абсцес;
  • трахеален аспират, искашлок и бронхијален секрет; крв за хемокултура; ликвор; фецес, урина, сперма, урогенитални брисеви (брис од уретра, вулва, вагина и цервикс); – изолација и идентификација на аеробни и анаеробни бактерии(Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes (A, B, D), Streptococcus Pneumoniae, Haemophilus 11 influenzae, Moraxella (Branchamella) catarrhalis, Neisseria Meningitidis, Bacteroides Spp., Candida species, Aspergillus spp);
  • одредување на осетливост на изолираните бактериски видови;
  • изолација и идентификација на Salmonella, Shigela, Рота-Аденовируси;
  • докажување на антиген на Helicobacter pylori, Giardia lamblia во фецес; – изолација и идентификација на уринарни инфекции: E. Coli, Proteus spp., Enterobacter Spp., Citrobacter Spp., Klebsiella Spp.;
  • изолација и идентификација на причинители на генитални инфекции: Streptococcus aggalctiae, Streptoccocus faecalis, Mycoplasma, Ureoplasma, Chlamydia и др;
  • одредување на осетливоста на изолираните соеви спрема одредени антибиотици (антибиограм) со диск-дифузиона метода;
  •  деконтаминација на бактериолошкиот материјал, негово миење, припремање за стерилизација и конечна стерилизација;
  •  припрема на бактериолошки подлоги, варење, разлевање и нивна стерилизација;
  • врши испитување на вегетативните и цистичните форми на паразити.