Тоа врши јавно здравствена и специјалистичка микробиолошка дејност за населението во регионот за кој е основан ЈЗУ Центар за јавно здравје Велес. Микробиолошката дејност во рамките на своето делување ги обавува следните задачи:
Микробиолошки анализи на хумани клинички примероци, со цел изолација и идентификација на патогени или условно патогени бактерии како и испитување на нивната осетливост на антимикробни лекови.
Паразитолошко испитување на хумани клинички примероци, со цел изолација и идентификација на паразити (хелминти и протозои) нивни јајца и цисти.
Миколошко испитување на хумани клинички примероци и присуство на квасници како и нивна идентификација.
Имунолошка лабараторија за дијагностика на заболувања од вирусна, бактериска и паразитарна етиологија. Се применуваат најсовремени серолошки и имунолошки тестови за бактериски, вирусни, протозоолошки и паразитолошки инфекции.
Лабараторијата учествува во реализација на годишна национална програма за заштита и превенција на населението од HIV/СИДА, Бруцелоза.
Прави микробиолошки испитувања со цел откривања на предизвикувачи, резервоар и патишта на пренесување на зараза, во случај на епидемии.
Учествува во тимот за контрола на болнички инфекции, во врска со нивната појава, спречување и сузбивање.
Извршува микробиолошки преглед на лица кои доаѓаат од ендемски жаришта на одредени заразни паразитарни болести.
Следи резистенција на бактерии на антимикробни лекови со цел следење на трендовите на резистенција со текот на времето, пратење на географско ширење на резистенција, детекција на нови типови на резистенција.
Активно учествува во Одборот за следење на резистенција на бактерии на антибиотици во РСМ.
За потребите на лабораторијата за бактериолошко испитување во лабораториите за клиничка и санитарна микробиологија се врши подготовка на микробиолошки подлоги со стерилизација на лабораториски прибор, контрола на стерилност на истите,деконтаминација и стерилизација на заразниот материјал (отпад), контрола на сува и влажна стерилизација.
Унапредување на стручно метадолошката работа, при што се предлагаат нови методи на лабараториски испитувања, учествува во изработка на годишен предлог план за реализација на микробиолошки испитувања и извештаи (квартални и годишни) за реализација на планот.
